Во время холодной войны морские силы самообороны Японии совместно с военно-морскими силами США разрабатывают атомную подводную лодку. В первом плаванье, команда субмарины провозглашает независимость, выходит из-под юрисдикции Японии и берёт новое название «Ямато». Капитан Кайэда пытается посетить саммит ООН в Нью-Йорке, чтобы субмарину признали независимым государством, однако ВМФ США и СССР противостоят ему.