Действие происходит в XXI веке в постапокалиптическом Токио. Главными героями Apocalypse Zero являются братья Какуго и Харара, обученные сражаться с монстрами, наводнившими город. Юношам дают усиленную броню — экзоскелет, выкованный из душ умерших воинов.